В ходе реформирования таможенной службы все таможенное декларирование сосредотачивается в электронных таможнях. В связи с этим изменится и статус Выборгской таможни. 29 октября 2020 года она будет преобразована в таможню фактического контроля.
Как сообщила 47news пресс-секретарь Выборгской таможни Наталья Финогина, основной задачей таможни и подчиненных ей таможенных постов станет осуществление фактического таможенного контроля. Это таможенные досмотры, наблюдения, осмотры помещений и территорий, а также совершение таможенных операций, связанных с временным хранением, помещением под таможенную процедуру таможенного транзита и ее завершением. Как и прежде, в компетенции Выборгской таможни останутся операции, требующие непосредственного контакта с товарами и транспортными средствами, взаимодействие со складами временного хранения, уполномоченными экономическими операторами, контроль после выпуска товаров.
В Выборгской таможне в настоящее время проводится оптимизация численности таможенных постов, их личного состава, а также штатной численности аппарата управления таможни. При этом штатная численность таможенных постов в многосторонних автомобильных пунктах пропуска и железнодорожных пунктах пропуска останется неизменной.